Το Άγιον Όρος στον 15ο και 16ο αιώνα (Νοέμβριος 2011), εξετάζει την περίοδο κατά την οποία ο Άθως και ο εκτός χερσονήσου ζωτικός του χώρος περνούν σταδιακά από τη βυζαντινή στην οθωμανική επικράτεια, με συνακόλουθα μια πολυεπίπεδη κρίση, ανατροπές και προσαρμογές (15ος αι.). Την περίοδο αυτή ταχύτατα διαδέχεται, ήδη από τις αρχές του 16^ου αιώνα, μια περίοδος θαυμαστής αναγέννησης και ακμής. Το συνέδριο δίδει απαντήσεις σε καίρια προβλήματα, όπως π.χ. η έκταση και τα χαρακτηριστικά της κρίσης του 15ου αι., οι μηχανισμοί προσαρμογής στην οθωμανική πολιτειακή πραγματικότητα, οι συνέχειες και ασυνέχειες των θεσμών (διοικητικών, οικονομικών) και οι παράγοντες, η έκταση και οι πτυχές της ανάκαμψης του 16^ου αιώνα.

Το συνέδριο του ερευνητικού αυτού πεδίου είχε ως θέμα την Αρχιτεκτονική του Αγίου Όρους. Ιστορία και έρευνα (αφιέρωμα στη μνήμη Παύλου Μυλωνά) (Οκτώβριος 2010) και απετέλεσε την πρώτη επιστημονική προσπάθεια έρευνας της αθωνικής αρχιτεκτονικής ως συνολικού φαινομένου. Οι επιστημονικές συμβολές που κατατέθηκαν είχαν ως αντικείμενο τη διαχρονική προσέγγιση της αρχιτεκτονικής του Αγίου Όρους, από τους βυζαντινούς χρόνους ώς τις επεμβάσεις κατά τον 20ό αιώνα. Τα οικοδομικά προγράμματα των κτηριακών συγκροτημάτων, τα εκκλησιαστικά οικοδομήματα (καθολικά μονών και παρεκκλήσια, κυριακά σκητών, ναοί κελλίων), τα κοσμικά κτίσματα και οι οχυρώσεις, αλλά και τα αρχιτεκτονήματα των μετοχίων συνθέτουν το μωσαϊκό των ανακοινώσεων.

Στα συνέδρια που ασχολούνται με την εξέταση ιστορικών περιόδων του Άθω εντάσσεται και το επετειακό συνέδριο "Ο άγιος Νικόδημος ο Αγιορείτης και η εποχή του. 200 χρόνια από την κοίμησή του". Αφιερωμένο στον βίο, το έργο και τη θεολογία του αγίου Νικοδήμου του Αγιορείτου, μιας από τις σημαντικότερες μορφές της εκκλησίας στα νεώτερα χρόνια και ίσως του πολυγραφότερου Αγιορείτου, ο οποίος συνέβαλε καθοριστικά στη φιλοκαλική αναγέννηση και την προβολή της νηπτικής παράδοσης. Άλλες ανακοινώσεις, στο ίδιο συνέδριο, τοποθετούν και αξιολογούν τη δράση του αγίου Νικοδήμου μέσα στα ιστορικά συμφραζόμενα της εποχής του.

Στα καλλιτεχνικά ρεύματα και τη ζωγραφική Από τον Διονύσιο εκ Φουρνά στον Φώτη Κόντογλου και στα σύγχρονα εικονογραφικά εργαστήρια του Αγίου Όρους εστίασε το αφιερωμένο στην τέχνη συνέδριο. Οι ανακοινώσεις πραγματεύθηκαν την τέχνη της ζωγραφικής στο Άγιον Όρος από τον 18ο ώς τον 20ό αιώνα. Η τάση επιστροφής στην τέχνη του Πανσελήνου, οι μεγάλοι ζωγράφοι, όπως ο Διονύσιος ο εκ Φουρνά, οι Γαλατσιάνοι και οι Ναζαρηνοί ζωγράφοι, η σύνθεση της παράδοσης με στοιχεία της δυτικής ζωγραφικής, η επίδραση της ρωσικής καλλιτεχνικής παραγωγής και η ίδρυση και λειτουργία αγιογραφικών οίκων, απετέλεσαν κυρίαρχα θέματα του συνεδρίου. Και ακόμη, η ιδεολογική διαμάχη μεταξύ παράδοσης και νεωτερικότητας με κυρίαρχη την επιρροή του Φώτη Κόντογλου.

Ο περιηγητισμός εμφανίζεται στον Άθω ήδη από τις αρχές του 15ου αιώνα και ως φαινόμενο αναπτύσσεται και αυξάνει ιδιαίτερα στον 19ο και ώς τις αρχές του 20ού αιώνα. Εκδηλώνεται πολλές φορές είτε ως ταξίδι με ειδικούς σκοπούς (συλλογή κυρίως χειρογράφων), είτε για την ικανοποίηση περιεργειών και ανησυχιών ή και πνευματικών αναζητήσεων. Τα αθωνικά μνημεία (καθολικά και οικοδομικά συγκροτήματα), οι καλλιτεχνικοί θησαυροί και οι βιβλιοθήκες μέσα από τα μάτια των περιηγητών, οι χαρτογραφικές και φωτογραφικές απεικονίσεις και ακόμη η διαφοροποιημένη ματιά του ορθόδοξου περιηγητή είναι τα κύρια θέματα των επιστημονικών ανακοινώσεων.

Στο πλαίσιο της Έκθεσης «Άγιον Όρος – Κειμήλια Πρωτάτου» οργανώθηκε το πρώτο επιστημονικό συνέδριο αφιερωμένο στο Πρωτάτο με τη διπλή του έννοια: ως διοικητικού και πνευματικού κέντρου του Αγίου Όρους και ως ναού, λατρευτικού κέντρου του συνόλου της μοναστικής Αθωνικής πολιτείας. Μεγάλος αριθμός συμβολών εστίασαν στην ιστορία του ναού-μνημείου, στην αρχιτεκτονική αλλά και στη μνημειακή ζωγραφική του, έργο του Μανουήλ Πανσελήνου, κορυφαίου ζωγράφου της παλαιολόγειας περιόδου.  Ιδιαίτερη βαρύτητα είχαν οι ανακοινώσεις που αφορούσαν τα προβλήματα αλλά και τις λύσεις που προτάθηκαν για τη συντήρηση και αποκατάσταση τόσο του ναού-μνημείου, όσο και των τοιχογραφιών του.